בעוד גם חשבונית מס וגם חשבונית עסקה מתעדות עסקה בין ספק השירות (״בית העסק״) והלקוח, בהן מבקש בית העסק תשלום בעבור השירות שסופק – חשבונית עסקה הינה מסמך הנרשם בספרי הנהלת החשבונות, אולם לא ניתן לתבוע באמצעותה תשומות או לשלם מע״מ עסקאות. זאת בניגוד לחשבונית המס הנרשמת בספרי הנהלת החשבונות, ובאמצעותה ניתן לדווח לרשויות המס לצורך תשלום/קבלת מיסים.
כאשר חשבונית עסקה משמשת את ספק השירות כמסמך לבקשת התשלום מהלקוח, ינפיק הנ״ל בעת קבלת התשלום מהלקוח מסמך חשבונית מס (או חשבונית מס קבלה), שתירשם בספרים ותדווח לרשויות בהתאם.
היתרון בשימוש בחשבונית עסקה כמסמך בקשה לתשלום מהלקוח על פני חשבונית מס הוא במועד בו נדרש הספק לשלם מיסים על העיסקה:
בשל הנורמה בשוק לעיסקאות שוטף פלוס 30/60 (מרגע הגשת החשבונית ללקוח), שימוש בחשבונית מס כבקשה לתשלום – עלול לגרום לספק השירות לשלם את המיסים על העסקה, לפני שהתשלום הגיע לחשבונו בעוד ששימוש בחשבונית עסקה כבקשה לתשלום – תבטיח שתשלום המיסים על העסקה יתבצע רק כאשר הגיע התשלום לחשבונו, כאמור לעיל.